Fanny Brunner ist in Wien geboren und aufgewachsen. Die Regisseurin absolvierte an der Ballettschule der Österreichischen Bundestheater eine Ausbildung zur Tänzerin und studierte an der Universität Wien Germanistik, Philosophie und Theaterwissenschaft. An der Universität Zürich schloss sie ein postgraduales Studium für Kunst- und Kulturmanagement ab. Sie ist künstlerische Leiterin des Wiener Performancekollektivs dreizehnterjanuar.
Fanny Brunner inszeniert neue Theatertexte, überschreibt Klassiker und entwickelt eigene Stücke. Für ihr Stück KING KONG VIVIENNE erhielt sie gemeinsam mit der Schauspielerin Vivienne Causemann den österreichischen Theaterpreis Stella*23. Sie arbeitete an Theaterhäusern u.a. in Berlin, Bern und Bozen, Frankfurt, Hamburg und Köln, Marburg, Oberhausen und Potsdam. Zuletzt inszenierte sie DIE TOTAL VERJÜNGTE OMA ODER MR. BATS MEISTERSTÜCK von Christine Nöstlinger am Volkstheater Wien und die österreichische Erstaufführung von MEIN LIEBLINGSTIER HEISST WINTER von Ferdinand Schmalz am Schauspielhaus Salzburg. Die deutschsprachige Erstaufführung von NINO von Rébecca Déraspe ist ihre erste Arbeit am Theater Phönix.
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